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对于海汉执委会和国防部来说，当然巴不得像特战营这样的精锐部队越多越好，毕竟武力才是海汉国不断开疆拓土的真正有效手段。但这中间又有一个所有人都不得不正视的悖论，那就是精锐部队必然都是由高级将领们亲自组建并长期操训，这样兵员的素质和部队的战斗力才能得到最大程度的保障。可如此一来，这些部队往往长期听命于将领一人，直接效忠的对象并非远在三亚的执委会，很容易演变成事实上的军阀，甚至会割据一方自成派系。原本是为了巩固统治的目的才花费重金去组建和维持这些精锐部队，但当这些部队的实力壮大到一定的阶段，执委会的统治反倒会因此而存在更多的隐患。
要预防某些极端状况的出现，除了加强军队的政工工作之外，还有一个极为重要的手段就是定期更换这些部队的驻扎地。虽然这种措施需要额外消耗大量的军费，以及安排极为复杂的部队跨地区调动的行动计划，但所能取得的效果倒是毋庸置疑。
像特战营的驻地，几乎是每过一两年就会进行更换，而且往往是去到海汉地图的边陲地带执行作战任务。特战营在地方上基本没有根基可言，其后勤供应和新兵招募都十分依赖于国防部的支持，也就没了演变为军阀势力的大部分客观条件。
海军所属的陆战队也是类似的情况，由王汤姆亲自打造的这支两栖部队在海南岛之外并无固定的驻扎地，基本就是看哪里有作战任务就随海军往哪里去，在需要通过海路进行远程投送的任务中比陆军多了一分效率。特别是在两栖作战的环境下，这支部队的战斗力甚至毫不逊色于号称海汉第一军的特战营。
骑兵营的状况则有些特殊，在驻地必须要为战马修建马场，否则数百匹战马的长期安顿会是一个极为麻烦的问题。所以骑兵营的每一处驻地都得花费大量经费在马场上，为了能够尽量节约军费，驻地会相对比较固定，而且在海汉国的统治区内，除海南岛上的战马牧场之外，也就那么有限的几处而已。对骑兵营的调动，大致都是围绕着这几处有马场的地方来进行安排。
目前驻地比较固定的精锐部队，也就只有罗杰的南海特战大队了，这支部队早在他主政安不纳岛期间就已经开始组建成型。自海汉在1633年底进驻星岛之后，罗杰就一直在当地担任军事主官，并于1634年开始打造自己的班底。他手下这支部队在来马尼拉之前，主要的活动范围也是集中在马六甲海峡，实战经验比起另外几支队伍都要少得多，可以说是精锐部队中的小鲜肉了。
鉴于这支部队及星岛地区的现状，国防部暂时不会将其调动到其他地方驻扎，所以马尼拉战事终结之后，罗杰依然会率领这支部队回到原来的驻地，继续为海汉守护住南海的西边门户。
而这几支精锐部队离开马尼拉之后，将留在本地接管治安防务的是从海口调过来的陆军营。营长于铁柱从1627年开始就一直在军中服役，也算是海汉的开国功臣之一，他所指挥的这个营在早年还一度担任过胜利堡的卫戍部队，战斗力虽然尚不及那几支精锐部队，但在陆军中也已经算是第一等的存在了。
在马尼拉战役中，于铁柱和他的部队几乎全是在干苦活累活，给另外几支精锐部队充当候补和负责辎重运输，并没有得到什么出风头的机会。不过这本来也是情理之中的事，国防部好不容易才从天南海北将麾下的精锐部队全部集中到马尼拉，目的就是要毕其功于一役而不能出现任何意外，自然是要将这几支王牌军全部堆在战场第一线。而以普通部队参战的这个陆军营，自然就只能受点委屈当当绿叶了。
不过于铁柱对这样的安排倒是不会介意，因为出发之前国防部长颜楚杰便与他有过一次面谈，问过他是否愿意率领部队到海外驻扎。于铁柱很清楚如果想要军功，驻外肯定比待在海南岛的机会更多，虽说马尼拉是一个相对比较陌生的地方，但也不是什么不毛之地，到当地之后不用担心基本的生活设施和物资补给问题，军饷也要比待在海南岛高出一截，说不定还有机会跟周边的土著武装打上几场积累军功，那又何乐而不为呢。
邱元和萧良抵达马尼拉之后，便立刻开始接手本地的军政事务。相对而言，军方的防务和指挥权转交工作还比较简单，因为此时颜楚杰等将领都还尚未离开马尼拉，萧良可以通过他们获得更为详细的本地信息，不至于会在接手后毫无头绪。而于铁柱在海口城驻扎期间，邱元正好便是他的顶头上司，军政双方的很多工作就更容易沟通了。
当然执委会和国防部作出这样的人事安排，未尝不是考虑到了这样更便于快速接手马尼拉的军政事务，而且萧良在广东期间也算是带过兵，不至于因为业务不够熟悉会被下面的人给架空。
关于防务的交接，其实临管会在此之前就已经有了安排，不过因为海汉军在巴石河以北地区的清剿行动仍在进行之中，所以相关的交接工作就继续顺延，萧良也因此得以有更多时间来熟悉本地的状况。
海汉军在巴石河北岸的行动也并不是一帆风顺，逃往这一区域的西班牙人往往都是非富即贵，不少人都拥有小规模私人武装，对于海汉军的追击，他们理解为这是要赶尽杀绝的意图，自然不会轻易放下武器就范。而海汉军所得到的指令，便是对所有的抵抗行为实施打击，这样一来不可避免地就发生了多起武装冲突，双方也都各有死伤。