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对于军方来说，攻打马尼拉的行动无异于一块诱人的大蛋糕，从国防部到基层的部队，凡是参与了此次行动的人员和集体，都能在战争结束之后或多或少地得到一些非常实惠的好处。国防部要的是执委会给予军方更多的资源和军费，以及政策上的倾斜；将领们要的是扩充手下部队的编制，提升装备水平和战斗力；基层军官们会得到升官发财的机会，普通士兵也会因为这次行动的最终胜利而获得丰厚的作战补贴。
不仅如此，在这场战争中为军方提供辅助的各种单位，比如安全部、海运部、医疗卫生、民政部门等等，在战后也都会得到相应的奖励。新近拿下马尼拉这么一处已经成型的殖民地，就意味着又有许多官职和岗位的空缺出现，这对很多人的职业生涯而言，都算是一个难得的升迁机会。
西班牙人在这里的经营比较粗放，总督府总揽全局，但下面的具体管理工作可就没有海汉社会那么详细的分工了，很多事情都是全部汇总到总督府由阿拉贡内斯一言而决。从某种程度上来说，他这个菲律宾总督可算是一个土皇帝了，统治权完全掌控在自己手中，日子可能要比国内的某些高官还过得更舒服一些。
不过这种统治方式的弊端也是显而易见，各个领域的工作安排自然是混乱不堪，效率极低，以至于西班牙在这里统治了大半个世纪，也仅仅只是开发了马尼拉城周边百里的范围，甚至都没能在马尼拉湾周边地区建设起第二座城市，仅有一些千人规模的市镇。就连甲米地港这种外国商人和移民聚集的贸易港区，常驻人口也不过才三四千人，远远比不了海汉在城市建设方面的进度和成就。
在海汉看来，西班牙人对马尼拉湾及周边地区的利用简直就是暴殄天物，巴石河以北的平原在后世可是著名的产粮区，而西班牙人对这些地区的开发缺乏长期的规划，完全就是任由移民自行操作，而极少有类似海汉种植园或是集体农场的操作模式。如果以海汉的模式，由农业部制定开发计划，那这几十年的时间足够在当地开垦出数百平方公里的农田了。
按照海汉的设想，马尼拉地区完全可以效仿三亚、高雄、石浦等地，在这里依托天然港湾建设一个海湾贸易区。只要附近区域的农业开发能够跟上城市发展的速度，供应足够养活城市人口的农产品，那么马尼拉湾在一段时期之后成为几十万人居住的大殖民区也是指日可待。
如果以马尼拉湾为中心，不但能够让海汉的海上影响力覆盖整个菲律宾群岛，而且可以串起浙江舟山定海港、台湾岛高雄港，吕宋岛马尼拉港这一条贯通南北的海上航线，为海汉下一步将海上疆域扩展到南方的加里曼丹岛，班达海、、帝汶海、所罗门海等海域作准备。
这样的长远规划，即便是西班牙这种海上强国也很难效仿，因为这必须要以掌握精确的海图为基础，而对于这个时代的航海家来说，茫茫无边的大海中有太多的不可知地带，要探索一片海域往往要花费数年甚至是数代人的时间。但对海汉航海家来说，掌握了海图就等于下棋占了大大的先手，探索陌生海域所需花费的时间要比这个时代的同行缩短了太多。
当然了，纸面上的规划要落实下来，所需做的工作仍然繁杂无比，要对马尼拉湾的开发进程进行海汉式的改造，要在这里投入的管理人员涉及多个领域，所需从海南岛等其他统治区抽调过来的人员至少数以百计。而这个调动工作，也不见得会比军方为此次行动备战时的大范围调动轻松多少。
在执委会正式委任新的行政长官之前，军方将代为行使这一区域的管理权。为此作战指挥部也在战后第五天摇身一变，成为了“马尼拉地区临管会”。
虽然以阿拉贡内斯为首的本地文武高官大部分已经落网，但海汉也不敢保证本地的民情就不会再出现反复，毕竟西班牙人在这里统治了好几十年，对本地民众而言海汉军是毫无疑问的侵略者，也说不定还会有一些人存有武力反抗的意图。所以虽然临管会已经公开宣布战争告一段落，但依然在马尼拉城内执行着严格的宵禁，以防有人暗中串联生事。
而临管会除了维持本地的治安之外，还有一项极为重要的任务便是分门别类地处理本地居民。生活马尼拉城及周边区域的民众主要分为三类，一是从欧洲来到这里的西班牙移民及其后代，二是归化并接受西班牙统治的本地土著和外来移民，三是外来的商人及家人随从。
从海汉维持统治的角度来说，第三类人的比例不大，危险程度也比较小，在查明身份，确定其立场倾向于新统治者，或者至少保持中立之后，便可以恢复其自由，去留自选也不是问题。
第二类人相对比较复杂，但只要是愿意留下来归化新统治者的民众，海汉这边都可以照单全收。至于想走的，按照海汉一贯的处理方式，那自然是得缴纳一笔费用才能重获自由，便是所谓的“买路钱”。
而第一类人不管是否对海汉采取了武力抵抗措施，几乎都进行了羁押。在海汉看来，这些西班牙移民的反抗意愿是最高的，必须要控制起来，直至将这些人统统逐出国境。而且其中那些身份显赫、有权有势的本地官员、富商等大人物，那更是需要上缴一笔价值不菲的赎身费才能重获自由。比如总督阿拉贡内斯所选择的赎身费，就是跟海汉军合作，将他所知的西班牙统治措施和民情数据和盘托出，这个代价不可谓不大了。