5月2日一天下来，联军在澎湖岛上抓捕了二千八百余名俘虏，另外在战斗过程中打死打伤了四百多人。负责清理附近岛屿的福建水师也小有斩获，抓捕了三百多名俘虏。联军在此过程中只出现了少量的伤亡，其中阵亡的几人都是隶属于明军，海汉民团这边倒是很幸运地只有几名伤员。
而经过一整天的清点之后，联军在前一天攻打澎湖岛的作战中所取得的战果也初步统计出来了。联军舰队在昨天的两场海战中击沉击伤敌军船只六十余艘，俘虏了八十多艘。而由于相当一部分死于海战的十八芝人员已经随船一起沉入海中，具体的伤亡数字已经难以进行统计，但从击沉击伤的船只状况所做的粗略估计，十八芝在昨天的两场海战中至少丢掉了上千条性命。当然了，以这些人的牺牲来换取十八芝主力的脱逃，其实对十八芝而言还是划算的。要不是被这两支船队给拖住了行进速度，被堵在澎湖岛的恐怕就不是三四千人，而是要上万了。
尽管最终截杀的效果不是特别尽如人意，没有能完全达到战前计划的打击效果，但如果从战损比来看，联军这边的确已经占了大便宜，并且也着实对十八芝的实力造成了一定的打击。光是第一天的两场海战，就已经让十八芝丢掉了五成以上的武装战船。至少在短时间之内，十八芝恐怕是很难恢复到他们鼎盛时期的武力水平了。
5月3日，陆军继续在岛上执行清理搜捕的任务，而前一天派去追击十八芝的两支舰队也在这一天返航归来。他们在前一天的下午追上了十八芝最后一批离开澎湖岛的船队，并在海上爆发了小规模的战斗。
当然了，有两艘“威严级”战舰坐镇的海汉舰队在这种交锋中丝毫都不会吃亏，在短暂的交手中又留下了对方十多条船，其中超过一半因为损毁严重，没有能被带回澎湖。石迪文在归途中就对俘虏进行了突击审讯，进一步确定了十八芝的目的地是琉球群岛中的宫古岛。
虽然这种战绩在此次的作战中算不上突出，但也足以让陆军眼红了。三个营的陆军在澎湖岛上把地皮都翻了个底朝天，仅仅只是抓捕了三千失去抵抗动力的海盗残余，其中大部分都是老弱病残，连当苦力的价值都不是很大。而所搜刮到的财物极为有限，颜楚杰和钱天敦对此根本就看不上眼。
“不该给十八芝留出那么多时间啊！”钱天敦感叹道。他已经放弃了在第一线的督战，回到了马公港临时指挥部，因为目前的形势根本就不需要他去一线盯着，高桥南就足以处理岛上的状况了。
这澎湖岛上没有可容太多人藏身的地方，而且仓促逃散的海盗残余根本就没有口粮，就算联军不对岛上进行大搜捕，多拖一段时间这些人也不得不自行出来投降。事实上从5月3日下午开始，一些侥幸避过头两天搜捕的海盗也纷纷自行从藏身之处出来了，他们也已经意识到这次攻打澎湖的敌军大概不会再撤走，继续隐藏下去要嘛被对方逮出来，要嘛就饿死在荒野中。
“看样子可以比预定的时间提前班师回朝了。”颜楚杰的语气中也不无淡淡的失望。早知道十八芝这么没有抵抗力，海汉应该把总攻的时间再往前提一提才对。
然而也并不是每个人都希望能够大打一场，许心素就很希望早点结束澎湖的战事，把大部队撤回福建去。目前在澎湖这里的联军部队加上后勤人员已经超过万人，每天消耗的物资都是不小的数目。而且澎湖本地现在除了海产之外什么都没有，绝大部分的生活物资还得不断地从大陆运过来，这对于许心素而言也是一个极大的麻烦。他手下运输船队最大的一批船前些天已经南下去三亚，准备为海汉民团运送作战物资，不过这物资还没运回来，仗却已经打完了。
对于许心素来说，这场仗几乎是投入了他手下所有的兵力和运力。尽管他也做好了后续的准备，但如果能够减少不必要的投入，他还是希望能够为自己省下一点。毕竟这次作战的经费只有一半是从福建官府的财政中支出的，另一半则是以各种名义从民间募集的资金，而其中一多半就来自许氏家族。至于支付给海汉一方的作战费用，那更是全部由他掏的腰包，海汉民团一天不宣布行动结束，他就得多掏一天的银子，这对于一个商人来说绝对是十分肉疼的买卖。
因此没等颜楚杰考虑清楚是不是真的要提前把大部队撤走，许心素就已经登门来亲自当说客了：“颜将军，既然十八芝已经将这澎湖清空，选择撤去琉球落脚，想必也不可能再大费周章地杀个回马枪了。如今岛上已经安定下来，海盗余孽也抓得差不多了，是否可以考虑将人马撤往大陆，以节省每日往返两地间的海上运力？”
颜楚杰当然听得懂许心素的话外音，笑着应道：“许大人这几天也受累了。我看这样吧，我们的部队在这里休整两天，然后就拔营回三亚去，许大人只要提供我们在途中需要的粮食补给就可以了。至于撤往大陆就不必了，毕竟我们把部队拉到福建来作战，家里就有点空荡荡的，还是早点回去比较安稳。”
许心素最怕的就是请神容易送神难，颜楚杰这么爽快地表了态，他心中的一块大石头也当即放了下来：“贵军返程所需物资，本官会命人在两日内筹备齐全送来澎湖。至于此地的归属，也按之前议定的章程执行便是。不过为了向朝廷有所交代，此地会设立一处巡检司，望颜将军知晓。”
颜楚杰点点头道：“这个可以理解，毕竟这里是大明的领地，设立衙门进行管理也是应该的。许大人也去过三亚，你看当地的榆林巡检司不是一样在运作？要在这里设立澎湖巡检司没问题，许大人尽管任命一位巡检使过来，我们一定好吃好喝地供着。”
颜楚杰看似客气，其实也是在给许心素提条件——要弄巡检司可以，但怎么运作得照着榆林的模式来，而且也别另外带人过来，来个当官的充充门面，大家脸面上都过得去就行了。