盖勋劝阻道：“当初齐国崔杼弑君；鲁国庆父篡位，此二国难道没有读书人吗？现在不急于筹划消除灾难的方法，而去做一些非常之事，已经足够让凉州人怨恨，又会让朝廷取笑，我实在无法理解！”
宋枭不听，盖勋便上书朝廷，报告此事，果然不久，朝廷下发诏书责问宋枭，以平叛不力将其免职。以杨雍接任凉州刺史。
护羌校尉夏育被羌族叛军包围在右扶风畜官，杨雍派盖勋率官兵前往救援，盖勋率军行至狐盘，便被羌族叛军击败，盖勋集合剩余的百余人，摆成鱼丽之阵做最后的抗争。
羌人精骑发动冲锋，官兵死伤惨重，盖勋也身负三处创伤，仍然岿然不动，指着身旁的一棵树对身边的士兵说：“我若战死，就将我埋葬在此树下！”
句就种部落羌人首领滇吾素来被盖勋所厚待，他在前面用兵器拦住羌人士兵说：“盖长史是贤人，你们若杀了他会遭天谴！”
盖勋却仰头大骂：”死反贼！你知道什么！快来杀我！“
众人大惊失色，滇吾亲自下马让马给盖勋，盖勋拒绝，众人才将其绑起来。
羌人都敬佩盖勋的忠义勇敢，不敢加害于他，派人将其送回汉阳郡。
杨雍表奏盖勋为汉阳郡太守。
中平二年（公元185年），凉州发生饥荒，盖勋带头拿出家中存粮，救济百姓，存活千余人。
中平三年（186年），凉州刺史杨雍免职，朝廷派耿鄙接任凉州刺史。
耿鄙上任后，虽然积极征调六郡士兵备战，但任人唯亲，专信治中从事程球。
而程球自私贪婪，凉州的士人们都讨厌他。盖勋认为耿鄙必败，便弃官回家。
由范津接任汉阳郡太守，同年，议郎傅燮与车骑将军赵忠结怨，被调离雒阳，接任汉阳郡太守。
中平四年（公元187年），耿鄙讨伐叛军失败，和程球一同被杀，手下军司马马腾投奔凉州叛军，傅燮战死，凉州遂沦陷。
韩遂率凉州叛军进攻三辅地区。
中平五年（公元188年）八月，汉灵帝刘宏设置西园八校尉，征召有军事才能的人入朝为官，盖勋被任命为武都郡太守，刘宏还诏令大将军何进、上军校尉蹇硕到城外为其送行，雒阳的官员都以此为荣。
盖勋还未至武都郡，又被征召为讨虏校尉，返回雒阳。
十月，刘宏在平乐观阅兵。
事后，刘宏特意召见盖勋，问道：“天下为何有那么多叛乱？”
盖勋回答：“还不是陛下宠信之人的子弟做的好事。”当时上军校尉蹇硕也在座，刘宏转身问蹇硕，蹇硕恐惧的不知道如何回答，因此怨恨盖勋。
刘宏又问盖勋：“我已在平乐观阅兵，而且把西园的财物散发很多给士兵们，如何？”
盖勋回答：“臣听说‘以前的皇帝只夸耀德政而不看兵力多少’，如今叛军在远处，陛下却在眼前阅兵，不能显示陛下果断刚毅，而由穷兵黩武之嫌。”
刘宏非但没生气，而称赞盖勋：“说的对，你我相见恨晚，那么多大臣没有人能像你这样说话的。”
盖勋后来对宗正刘虞、佐军校尉袁绍说：“我认为陛下是非常聪明的人，就是被左右宠信的宦官蒙蔽了，如果我们合力清除这些奸邪之徒，然后提拔清廉能干之人，以此使汉室兴旺，我们功成身退，岂不是一件快意的事？”
刘虞、袁绍认同，于是与其结为同谋。
但不久，司隶校尉张温上表举荐盖勋为京兆尹，刘宏虽然不舍得盖勋离开雒阳，但由于蹇硕等人极力赞同，于是迁盖勋为京兆尹。