在职三天，转任虎贲中郎将。
那时董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝刘辩。
孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正的言论。
董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府（太尉、司徒、司空）举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国（今山东昌乐西）为国相。
孔融到北海后召集士民，聚兵讲武，下发檄文，亲写书札，与各州郡通气，共同谋划。
因讨伐黄巾军张饶战败，又集结官吏百姓四万多人，再设置城邑，设立学校，彰显儒术，举荐贤良，善待国人。
孔融对待国人，就算只有一点微小的善行，也都以礼对待。
国人没有后代及四方游士有去世的，都予以帮助，妥善安葬。
在孔融治理下，北海日渐富饶，因颇有政声，被时人称为“孔北海”。
且说青州黄巾军被曹操招抚，徐和、司马俱、管亥探知曹操除将黄巾军精锐编为青州兵，其余被遣耕田，稍为安定，便率旧部转战它地。
管亥自带一千兵马，很快又有一万余众响应。
为了解决粮草不足，闻知北海较为富裕，管亥向孔融借粮一万石，孔融不给。
管亥聚集义军攻打昌乐，孔融引军出城迎战。
管亥拍马舞刀直取孔融。
孔融部将宗宝挺枪出马，战不几合，被管亥一刀砍于马下。
孔融急忙退回城中，闭门坚守。
管亥分兵四面包围，昌乐危在旦夕。
孔融登城瞭望，见敌军声势浩大，倍添忧愁。
正在此时，忽见一个身长七尺七寸，须髯美貌，猿臂虎腰的壮汉，挺枪跃马，在敌阵中左冲右突，如入无人之境，一直冲杀到城下，大叫：“开门！”
孔融不认识，不敢开门。
那壮汉见门不开，敌兵从后追到城壕边上，急忙勒马回身，一连捅杀十数人，敌兵暂退。
孔融这时即命打开城门，将那壮汉迎入。
那汉下马弃枪，直奔城墙，拜见孔融。
孔融问起姓名，回答说：“复姓太史，名慈，字字义。”
孔融一听是太史慈，大喜。
孔融虽不认识，但却早就知道其名。
原来这太史慈乃幽州辽东郡东莱黄县（今山东龙口东黄城集）人，少时机敏好学，好骑善射，弦不虚发，被称为神射手，郡守闻名聘为本郡奏曹史。
当时本郡与本州之间有嫌隙纠纷，是非曲直分辨不清，而结案判决时多以先让有司（掌刑赏官吏）知事者较有利，就是先入为主的意思。
其时本州奏章已先发有司处，郡守恐怕落后不利，于是求取可为使者的人。
太史慈时年二十一岁，被选为使，就抄近路日夜兼程赶往京师，先到公车门前等候，待见州吏也来到了，才开始请求把郡府奏章呈上。
太史慈假意问州吏：“君也是前来欲求通章的吗？”
“是。”州吏回答说。
太史慈又问：“奏章在哪里？”
“在车上。”州吏说。
太史慈便说：“奏章题署之处确然无误吗？可否取来一视。”
州吏却不知太史慈乃是东莱人，便取出奏章给他。
谁知太史慈先已藏刀于怀，取过州府奏章，便提刀截断州章，将其损坏。
州吏见州章被毁，大惊高呼：“有人毁坏我的奏章！”
太史慈见州吏呼喊，急忙将州吏拉到车里说：“假使你没有取出奏章给我，我也不能将其损坏。你奏章被毁，我毁你奏章，都一样获罪。咱俩吉凶祸福恐怕是相等的，都难免遭受处罚，不见得只有我独受此罪。”
州吏闻听，急问：“时至如今，如之奈何？”
太史慈说：“如其坐而待毙，不若一起出走逃亡，至少可以保存性命，也不必无谓受刑。”
“你为本郡而毁坏我的奏章，已经成功，怎么也要逃亡？”州吏疑惑地问。
太史慈便答：“我初时受本郡所遣，只是负责来视察州章是否已经上通而已。但我做事却太过激，以致损毁州章。如今即使回去，恐怕也会受到谴责刑罚，因此希望一起逃去。”
州吏相信太史慈所言，乃于即日俱逃。
太史慈与州吏出城后，太史慈却潜遁回城，向郡守复命，说郡章已经上呈，完成郡守使命。
州府知道这事后，再遣另一吏员往京城通章，但有司却因为先得郡章，不再查察此案，这场纠纷不了了之，州府有苦难言。
太史慈因此知名于世，但也被州府人所仇视。
为免受无妄之灾，太史慈只得避居辽东。