查克拉这个问题我实在是不想回答，但有些人还是拿出来提，就没办法了，漫画里其实已经给出答案了。
卡卡西和佩恩一战，就是因为耗尽查克拉而死。
查克拉起源，斑亲口说过，查克拉的起源是神树，神树是大筒木辉夜从别的地方带到地球的，不是地球原本的东西。
官方设定里面也给出，大筒木辉夜是地球上第一个拥有，记住，是第一个拥有查克拉的人。
也就是说，在大筒木辉夜之前，地球上根本没有查克拉这种东西。也证明了，古代人类没有查克拉，也不会死去。
可是到了原著时期，卡卡西却会因为耗尽查克拉而死，emmmm……
查克拉为什么会成为地球生命体维持生命运行的必须能量，很可能因为一些未知变故。
这些未知变故，AB没有给出解释和任何说明，只能靠个人各种脑补猜测了。
我个人倾向于是地球在很多年前，因为种植神树的原因，经历了某种大变化。
博人传里面有没有给出查克拉的新解释，我不知道，因为我博人传只看了几集，研究不深。大筒木的外星人设定，我也不想深触。
至于魍魉收集人心的黑暗，在这里设定用查克拉比较合理。