1960/61赛季马德里竞技表现良好，但是还是排在皇家马德里之后屈居联赛第二。富有戏剧性的是61年的国王杯决赛又是在皇家马德里和马德里竞技这对同城死敌之间展开，幸运之神再次眷顾了马德里竞技，他们以三比二又一次战胜了皇家马德里。
这之后一直到1962年以前，球队战绩稳定在西甲三甲之列，当年的进攻核心球员还获得了西甲最佳球员称号，但是马德里竞技期望能够赢得更多，期望在欧洲赛事中获得好成绩。他们厉兵秣马备战第二届欧洲优胜者杯，充分的准备加上强劲的实力让马德里竞技一路过关斩将先后战胜各国强队后与上届优胜者杯得主意大利的佛罗伦萨在欧洲优胜者杯决赛会师。
马德里竞技保持了他们一贯善打硬战的传统，虽然场面不占优势，但马德里人在依旧苏格兰格拉斯哥以一比一顽强逼平对手，择日重赛马竞在德国的斯图加特以三比零横扫佛罗伦萨，把第一座欧洲赛事奖杯带回了俱乐部的荣誉室。
在这个巨大胜利之后，马德里竞技在1962/63赛季仍然获得了第三名的成绩，而他们又一次以杯赛冠军的身份杀入欧洲优胜者杯。一切好像上一届的翻版，马德里竞技一路横扫诸强来到了决赛地鹿特丹，1963年5月15日马德里竞技在这里迎战决赛的对手英格兰的托特纳姆热刺，也许是一路打的太顺，也许是荷兰靠近英国英格兰球迷助威的威力更大，马德里竞技在决赛中表现失常，以一比五败下阵来，痛失优胜者杯卫冕的大好机会。
1964年年初俱乐部乘热打铁决定建造一座球场，但是球场的建造和前几年巨额的投入也拖累了俱乐部的财政，俱乐部不得不进行主席改选。1964年初马德里竞技俱乐部历史上最伟大的主席临危受命，而他开创了马德里竞技的黄金时代，在之后的十六年里，俱乐部在他的带领下夺得了四座联赛冠军奖杯，两次联赛亚军，三座国王杯冠军奖杯和无限接近冠军的那次欧洲冠军杯亚军，球队还夺得了1975年的洲际杯冠军。
而这时俱乐部历史上的另一重要人物阿拉贡内斯从获得联赛季军的贝蒂斯来到了马德里竞技，这个后来为马德里竞技效力十一年，出场二百六十五场攻入一百七十五球的传奇巨星成为了马德里竞技重新崛起的支柱，虽然这两位后来对马竞俱乐部产生深远影响的人物同时加入了俱乐部，但是刚开始时，这一系列的变动还是影响了球队的成绩，1963/64赛季马德里竞技排名第七。
1965/66赛季马德里竞技凭借杯赛冠军的身份参加了欧洲优胜者杯，但遗憾的是在四分之一决赛中被多特蒙德击败，告别了当年的优胜者杯，但是全心投入的联赛的马竞显示出异常强大的决心，他们以巨大的优势毫无悬念的夺取了当年的西班牙甲级联赛冠军。接下来的一个赛季，马竞为卫冕的压力所困，虽然时不时的能够为球迷献上几场精彩的攻击战，但总体球队的表现不够稳定，起伏很大，最终球队仅仅获得第四名。