二十世纪三十年代希特勒政权的到来打乱了拜仁发展的步伐，同为犹太人的球队主席以及教练只好逃离德国，俱乐部的其他一些球员也遭到了清洗，拜仁被嘲讽为犹太人的俱乐部，在接下来的几年当中，拜仁无法继续参与全国冠军的竞争，在当地联赛中也仅仅排名中游。
二战结束以后的1945年至1963年间，拜仁慕尼黑一共雇佣和解聘了十三名教练，1955年拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返联赛并且获得了球队历史上的第一座德国杯奖杯，在决赛中他们以一比零击败了杜塞尔多夫。
但是此时拜仁遭遇到了严重的财政问题，并在20世纪50年代末濒临破产，资本家罗兰·恩德勒在此时出手相助，为俱乐部提供了必须的资金，作为回报恩德勒也成为了球队的领袖。在1963年Oberliga和其他几个联赛被整合为一个新的联赛，也就是现在的德国足球甲级联赛，一共有五支Oberliga的队伍加入了新组建的联赛，但其中并没有包括当时获得联赛第三的拜仁，理由是拜仁的同城死敌慕尼黑1860获得了当年的冠军，而德国足协当时只允许每个城市有一支球队加入德甲。但在两年之后，拜仁依靠年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶，成功地杀入了德甲联赛。
拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，并且获得了德国杯赛的冠军，这使他们有资格进入下一个赛季的欧洲优胜者杯。次年在欧洲优胜者杯决赛中，依靠弗朗茨·罗特在加时赛中的进球，拜仁一比零力克苏格兰球队格拉斯哥流浪者足球俱乐部夺得了冠军。1967年拜仁成功卫冕德国杯，但球队在其他战线发挥不佳。1968年南斯拉夫人布兰科·泽比奇接过帅印，他对纪律的要求非常严格，这为拜仁带来了良好的成绩，他在仅仅使用十三名球员的情况下，带领拜仁取得了德国足球历史上第一个德甲联赛和德国杯双冠王，从1970-71赛季起乌多·拉特克开始执掌球队，在他执教的第一个赛季，拜仁就捧起了当年的德国杯。
接下来的1971-72赛季，拉特克为球队带来了历史上第三座德甲冠军奖盘。对阵沙尔克04的关键战役，是拜仁在慕尼黑奥林匹克体育场进行的第一场正规比赛，也是德甲第一次使用直播技术。这场比赛拜仁五比一大胜对手，并创下了诸如历史得分最多和进球最多等多项记录，拜仁在接下来的两年实现了三连冠的伟业，并且在1974年欧洲冠军杯决赛的重赛中四比零横扫马德里竞技，夺得第一个欧冠冠军。
随后几年，拜仁在国内联赛并不顺利，只是在1975年欧洲冠军杯决赛中击败利兹联捍卫了自己在欧洲的地位。次年的欧洲冠军杯决赛，拜仁打败了法国球队圣埃蒂安足球俱乐部，连续三年在欧洲赛场有所作为。同年拜仁捧得了丰田杯的冠军。在接下来的几年中，拜仁却再也没有获得任何比赛的锦标，弗朗茨·贝肯鲍尔也远赴纽约宇宙进行发展，1979年塞普·迈耶和乌利·赫内斯宣布退役，邢龙昕则加盟了劳德代尔。