2005年俱乐部甚至已经到了破产边缘，对成功的渴望却让曾经的德甲豪门到了穷困潦倒、濒临倒闭的地步，同上世纪90年代后期的鼎盛时期相比，球队几近崩溃。2005-2008年是俱乐部历史上最为艰难的时期，虽然俱乐部决心要让已经病入膏肓的病人重新复活，但窘困的财政状况一直没有好转。
主教练也很有野心，但是他的愿望常常由于俱乐部糟糕的经营状况而不能实现;球迷们总是期待着球队的成功，但他们也只能情不自愿的习惯于球队在德甲中游的成绩，俱乐部为了平衡财政做出了一系列大清洗，导致球队一直只能在联赛积分榜中游徘徊。
当托马斯-多尔在07-08赛季率队拿到20年来球队的联赛最差战绩第十三名后，看似多特蒙德会就这样沉沦下去，再无抬头之日。
不过2008年被看作是大黄蜂重生的纪元年，08年夏天新的营运团队进驻，也带来了节省支出，增加商业活动的新理念，在经历了多尔带队的失败后，董事明白，他们真正需要的是一位能不断激励球队及球迷，一位能让俱乐部恢复往日声望的帅才。
他们选择了尤尔根·克洛普，一位刚刚带领美因茨历史性地冲入德甲并广受外界褒奖的少帅。他手下球队华丽而又不失严谨的球风得到了德国足球界的诸多夸赞，带着要重现多特蒙德昔日辉煌的承诺，克洛普得到了最初的两年合同。克洛普心中自然明白，要想在多特有所作为，他必须运用一套不会让俱乐部再陷债务泥潭的运营体系。
克洛普的球员生涯大部份时间在美因茨度过，由1990年效力到2001年退役，期间球队一直位于德乙的中游位置，克洛普初期担任前锋，于1995/96赛季开始移后成为一名后卫。
退役后克洛普留在美因茨担任主教练，执教长达八年。首两年即带领球队冲击升级资格，惟仅差一线均以第四位未能成功。2003/04赛季幸运之神终于降临美因茨，球队以净胜球压倒科特布斯取得第三位，克洛普成功带领美因茨首次登陆德甲，其时他在科隆德国体育大学完成足球教练牌照课程，但仍需继续修读德甲主教练所需的甲级教练牌照课程。
2008年5月克洛普获聘为德甲俱乐部多特蒙德的主教练，签约两年，2008/09赛季克洛普随即带领球队赢得个人执教生涯首个锦标，以二比一击败拜仁慕尼黑取得德国超级杯，执教首个赛季多特蒙德取得第六位，但未能取得欧洲赛的参赛资格。