南京一战，清军在南京城的守军全军覆没，端重亲王爱新觉罗·博洛、其子爱新觉罗·塔尔纳、参将张国俊等一干绿营将领都战死沙场，参将梁化凤负伤被擒，成为明军俘虏。
战后经过一番统计，明军虽然成功拿下了南京城，却也是付出了不小的伤亡代价，攻城前拢共有四万七千余人参与战事，等两次攻城结束后，军中就剩下了近四万人马，其中还有数千名需要休养生息的伤员。
作为攻城的主力，苏言麾下的兵马无疑是伤亡最多的，进攻仪凤门的郑氏水师在陈钊俊率领的水师的舰炮掩护下，两次战斗下来仅阵亡了不到千人，张名振麾下的鲁王军也阵亡了两千多人，不过他们也从清军尸体上扒下来了许多甲胄，能够为披甲率不高的兵马换上。
此外，明军在占领南京城的武库后，还缴获了上万具甲胄和大量的武器弹药，苏言第一时间封锁了武库，并对黄安与张名振承诺会根据他们在攻城中的贡献分发给他们一批武器装备，后者不担心苏言会贪墨他们应得的东西，便欣然接受。
收复南京后的接下来一段时间里，得利于当地官吏的配合与明军士兵的维稳，南京城迅速从战后的动荡中走出来，原本因为战乱而提高的粮价也在苏言的强制要求下降低到了战前的水平，南京百姓的生活也回归了平静。
对他们而言，除了头上的辫子没有了，只剩下光溜溜的头皮，又穿回了汉人服饰外，日常生活里几乎没有太大的变化——哦不对，南京城内的一些兜售帽子头巾的商贩倒是大赚了一笔，在辫子被割断后，为了个人美观，百姓纷纷戴上了帽子缠着头巾，将自己的光头遮住。
十八日当天下午，在几名违背军纪的**在菜市口公开处决的同时，苏言率领着卫队来到了朝阳门外的明孝陵，祭拜曾经驱逐鞑虏恢复中华的明太祖朱元璋。
因为战乱缘故，清廷在明孝陵设立的护卫早已人去楼空，偌大的明孝陵内空无一人，显得很是空旷，苏言郑重地在太祖皇帝的牌位前祭拜了一番。
随后，他看着牌位后面挂着的朱元璋画像，低声道：“太祖皇帝，晚辈继承您驱逐鞑虏之遗愿，自福建一隅起兵，收复南京，未来还当继续征伐天下，将鞑虏彻底逐出中原。
届时，晚辈当亲自提鞑酋首级，再来孝陵祭奠。”
说完，苏言向牌位拜了一拜，转身离开了明孝陵，离开之前，苏言还嘱咐跟在他身旁的陈瑛，让陈瑛从神机营内调集一队掷弹兵到明孝陵内驻扎，专门负责孝陵的守卫工作。
离开明孝陵，从朝阳门回到南京城内时，满城的清理工作已经开始，幸存的旗人们在明军将士的看押下与惩戒营一同将一具具尸体抬到车上，等待运到城外去集中烧毁。
苏言准备将这满城的城墙拆除，城中的房屋全部推倒重建，恢复明初时的布置——在清军占领南京之前，满城的位置上还是南京的五府五部，即五军都督府、吏部、户部、礼部、兵部和工部，刑部与大理寺、都察院都设立在太平门外，因此并没有被清廷拆除，只是被废弃了而已。
刑部、大理寺与都察院的衙门大概是在攻城战中被清军射出的炮弹误伤了，衙门建筑有着多处损坏，只需稍作修缮便能重新投入使用。
只是，在苏言称帝或是将永历皇帝迎回南京之前，这五府六部都暂时只能吃灰了。
为了不落人口实，苏言并没有入住皇城，而是住在了总督部院办公，在他回到总督部院后不久，外面的卫兵就前来通报称，定西侯张名振与水师提督黄安前来拜见。
苏言想都没想，便命人将张名振和黄安一同带到了自己所在的书房，后两者一进入书房就一同行礼问候，苏言注意到，他们虽然是身着常服，可还是能够看出脸上的倦色，明显就是战后一直到现在都没有休息。