蜀王谋反这么大的事情，作为五省总督兼川蜀巡抚的朱燮元不可能不知道。
而且，血衣贼的事情，本来秦良玉受到朱燮元前往剿灭的指令，但随后就没有了音信。
仿佛朱燮元对这件事并不在乎一样。
这段时间，朱燮元没有任何表示。
事实上，在当初朱燮元上报血衣贼的事情之后不久, 他就收到了朱由检的圣旨。
“全力准备平定奢安乱党，其它事情不须管。”
很简单的一句话，也就是因为这道圣旨，无论是听到血衣贼，蜀王军，还是蜀王被抄家的事情，他都没有管。
新帝登基后, 先灭阉党, 后平草原，又灭女真大军，在朱燮元眼中，这个皇帝很有作为，一切安排都有着自己的考量，他要做的就是配合好。
于是他便作壁上观，只是紧盯奢崇明和安邦彦乱党的动向。
如今这两个土司已经再次积蓄出了一定数量的军队，而且联合在一起，想要平定，恐怕需要付出不小的代价。
皇帝关注这件事，他需要更加仔细地安排。
崇祯二年三月初七，一支人数在两万人左右的军队进入了成都府境内，跟随在队伍后面的，还有三千多人的工匠商户。
“……组建西南军机处，直属于皇帝管辖，设军机大臣，位列二品武职。
第一届西南军机大臣有朱燮元，孙应元, 秦良玉，孙传庭，满桂五人，共同参务陕甘，川蜀，朵甘都司，乌思藏都司，云南，贵州，广西以及其它西南地区军政。”
西南军机处是一个没有固定办公场所的官署，它只是规定了五个人的权限，表示他们可以统筹西南地区所有的军务，并且有着直接上奏皇帝，并且接受皇帝指派军事指令的权力和义务。
目前来说，孙传庭和满桂还不能和其它三人进行紧密的联系，他们两个如今主要的战略部署在甘肃和西北草原，所以暂时只是挂名。
西南军机处指的并不是仅仅“西南地区”，而是西部地区和南部地区，战略范围非常广大, 定位的是对整个西亚和南亚地区的经略。
孙应元带着两万勇卫营步兵团士卒翻山越岭, 来到了成都府，将这一道旨意告知了秦良玉，而随后，朱燮元也来到了成都府，三位亲封的二品军机大臣完成了会晤。
原成都知府衙门，现临时军机衙门之中，三人围在一张巨大的地区前。
孙应元手指在地图上划了一个圈，然后说道：“奢安之乱，不足为虑，今年秋收之前，将其覆灭。之后的事情，才是紧要的。陛下的旨意是，让我们在两年之内，彻底完成对川蜀，云贵地区的改土归流，废除土司，建设真正的官府衙门，真正做到平定叛乱。”
朱燮元当即反驳道：“本官在西南地区为官多年，对这些土司颇为熟悉，改土归流推行起来，只怕是难如登天，那些土司，一个个都是极为难缠，稍有不慎，就会再次引发新的叛乱，这件事还需要从长计议。”