接下来就是京都方面对相关涉案人员的责任界定和处理决定：
1、西北妫海家族遭到相当于株连九族的严厉处理，整个家族被抓捕并追究刑事责任的有17人；开除出体制的21人；从事贸易、商业等都面临漏税偷税和非法洗钱等指控；家族控制下的企业全部被没收，好消息也有，那就是证实的确没涉案的妫海玥被释放，受家族牵连开除公职。
2、西北警备区、坦萨警备区几乎被连根拔起，当年参与或实际操作或知情不报的共被抓了155人，都将面临军事法庭的裁决。
3、京都军总***包括已退下来的，专门为首长服务的专家医疗组，以及相关医生、护士、保安等也受到顶格惩罚或追究刑事责任。
4、关于白家
鉴于白翎在方晟失踪过程中，存在未经请示和违反流程擅自发布关闭摄像头、封闭部分交通要道、撤除部分卡口检查等行为，主观上故意隐瞒或掩盖真相，客观造成无法追踪方晟离京线路，决定免去其在军队里的所有职务，中将降为少将待遇，提前办理退职手续！
鉴于白杰冲在方晟失踪前与于云复秘密接触，失踪当夜与白翎密会并行为可疑，有可能参与或导致或知情不报方晟失踪事件，决定取消前军副所有待遇仅保留上将待遇；白杰礼被禁止继续参加原单位活动，仅保留普通退休待遇。
白昇、白研被勒令退役，转到民营兵器研究机构。
5、关于于家
鉴于于云复在方晟失踪前与白杰冲秘密接触，且方晟失踪前三个月内行踪诡异，经常以钓鱼为名出入京都，有可能参与或导致或知情不报方晟失踪事件，决定取消其前局委员所有待遇仅保留副国级待遇；
于道明因未能排除与于道明同谋嫌疑，决定取消其前政协领导待遇仅保留副国级待遇。
6、关于樊家
鉴于方晟失踪之夜樊伟违反纪律酗酒而丧失指挥权，造成京都部分区域出现重大安全疏漏，对方晟失踪而无法追踪负有不可推卸的责任，决定免去其在军队里的所有职务，中将降为少将待遇，提前办理退职手续！
与白家相似，樊家在军队系统所有子弟全部勒令退役，转到省属国企安排就业。
樊红雨提前退休，仅保留正部级相关待遇，取消其阅读内参、参与钟组部活动等相关待遇。
7、其他涉案或有可能涉案人员
陈皎提前退休，仅保留正省级待遇，与樊红雨相同取消阅读内参、参与申委省正府活动等相关待遇。
燕慎提前退休……
牛博士提前退休……
与朱正阳、俞晓宇等人关系密切原本仕途还有半步可走的申委书计蔡雨佳也提前退二线，郁闷得差点抑郁。
由此可见两份文件出于种种考虑隐去影子组织称谓，但蔡子松的真实身份还是被严华杰挖了出来——尽管白翎对蔡子松的死采取高度保密措施，但措施本身就引起专案组怀疑——凭什么她介入一位校领导猝死事件呢？之后陆续发掘出蔡子松临死前与方晟有过接触，再扩展到叶韵中毒事件等等，终于锁定蔡子松就是影子组织高级成员身份，继而对曾经与蔡子松有过接触的人员采取毫不留情的处理。
从文件中的表述看，基本都是单方面认定，即不管有没有确凿证据，不管你是否承认，专案组一律采取“宁可信其有不可信其无”的原则，凡与影子组织、与蔡子松沾着边的统统清除，哪怕伤及无辜！
经此暴风骤雨般的凶猛打击，显赫一时的京都于家、白家、樊家元神散尽，彻底被排除出权力圈——谁都没想到白钰和樊红雨与黄海系特别朱正阳还有老交情，居然不顾面子地下此重手！
京都詹家、吴家也如惊弓之鸟，因为詹印和吴郁明都曾参加过陈皎（燕慎）组的饭局，与蔡子松也有过接触，只是次数较少且纯属间接关系被放了一马。纵使如此也在内部受到严厉警告，两人均垂头丧气地提交了书面检查。
至于京都宋家，早就随着宋仁槿退二线而全面萧条；邱家更是雨打飘零树倒猢狲散。
不管有意还是无意，朱正阳在离卸任还有一年之际，施出霹雳手段客观上打击并几乎瓦解了京都传统家族势力，成功遏制门阀正治和退而不休频频“参正议正”的习惯。
一直以来各方都认为朱正阳宅心仁厚，没想到动起手来凶狠而霸气，的确堪当“天威”二字：两个**处理的在职或退休副国级干部6人；正部级22人；副部级41人；厅级及以下276人！
还没算通过军部在军队系统展开的清理行动，单坦萨警备区就抓捕300多人，无一个普通士兵！
方晟失踪当晚与樊伟一起喝酒的几位倒霉将军又被揪出来加重处罚，还连累了外围一批警备区领导。
有人说朱正阳偶尔露峥嵘；有人说他借零号专案组案件调查替方晟出口恶气；也有人说他高风亮节主动替继任者扫除执正障碍。
或许是，或许不是，或许全是。
正治上的事，谁说得清呢？