与《刀狩令》在历史上多次一次出现不同的是，《海贼停止令》在日本史上第一次出现。
在日本史（特别是南北朝时代以后）中的海盗，大多是领地临海的豪强。
他们如大名拥有领地，在海上拥有地盘（海上权、海上支配权），并且拥有相互的联合组织等，在一定规模的组织中活动着。
因此，就像国人众和一向众（不是一向宗）那样，从性质上来说他们与单纯的海盗是需要区分开的，他们也被称为“海贼众”。
当然他们也会像一般意义上的海盗一样，有时会袭击沿岸地区和海上航行的商船，或者接受大名和商家的委托进行船舶的警卫（警固）也是主要活动之一。
特别是室町幕府在勘合贸易时，幕府被迫承认他们的合法性，赋予他们警固海面的任务。因此海盗们也被称为“警固众”。
与此相关，他们以护卫名义收取的金钱被称为“警固费”，为了警固的委托和收费而设置在登陆港等地的设施被称为“警固关”。
室町时代后期幕府的权威衰退，权力分散后，各地的海盗们也进行了政治上的自立，不再是服从某个大名，而是作为对等的关系，或者雇佣兵行动，作为与大名等独立的组织活动。
因此，根据时势随机应变地改变支持大名的情况也经常发生。
而造成这样的一个可能因素是，由于社会货币经济、物流的改变等，贸易收入开始超过土地的粮食产出，而海贼众们的警固费收入增加。
到了战国时代后期，有力大名将海贼众臣属化作为水军的情况也变多了，宇喜多家最初控制的冈山众就是原本盐饱水军的下级海贼众。
后来随着宇喜多家的逐渐强大，势力横跨濑户内海两岸，就连盐饱水军自身都不得不臣从秀家。
就连濑户内海西侧的原本属于毛利家配下的村上水军，也因为秀家控制尹予被一分为二，领地在尹予的海贼众成为了秀家的下属。
秀吉下达的《海贼停止令》，要求全日本的水军众停止从事海贼行为跟终止征收帆别钱、警固料的权利，也对走私交易进行杜绝，将日本的对外贸易统合于朱印船贸易，及授权给特定的大名对外进行贸易。
秀吉在《海贼停止令》中的措辞非常严厉，只给了海贼们一下三种选择：
其一，对于特定的拥有极大势力的海贼头领，被要求成为丰臣政权体制的大名，如九鬼嘉隆；
其二，对于拥有一定势力的，但是并不属于号令一方的存在，并且距离丰臣家直领较远的海贼被要求成为特定大名的家臣团，如村上及盐饱水军；
其三，要求海边零散的海贼众，这些多是临海渔村的渔民兼职的活计，他们被要求放弃武装，成为农民。
当然还有第四条，就是不选择以上三条路的海贼，全部被要求就地处死。
这两条政策看起来是稳定治安的政策，实际上是秀吉通过又有法律效力的纸面文书，正是确立了武士和平民之间的界限，为下一步进行全国性质的兵农分离打下基础。
与这两道军事相关的政策同时颁布的，还有针对切支丹的《伴天连追放令》、针对贸易的《乐市令》以及针对知行统计的《天下检地令》。
“伴天连”是葡萄牙语“padre”的日语汉字翻译，意为神父或传教士，“追放”则是放逐的意思。
由于当时传入日本的基督教宗派只有天主教会，因此该法令实际上系针对来自西班牙、葡萄牙等天主教国家的商人及传教士而来。
历史上的《伴天连追放令》下达于天正15年（1587年）六月十八日，
这一世的这条法令却整整晚了一年有余。
与之相应的是，与历史上秀吉对于大名和武士相对宽容的态度不同的是，秀吉此次《伴天连追放令》比历史上强硬了很多。
历史上的《伴天连追放令》主要约定了一下几点：
（1）普通民众有权利选择自己的信仰，政府不会进行干预；
（2）领地的治理者，不论是大名还是地侍都不能因为自己信仰切支丹而要求领民改信切支丹；
（这条明显的po高山右近的，历史上高山右近被处置也是因为在《伴天连追放令》下达后依然逼迫领民改信切支丹。）
（3）大名如果出现交替、、继承、转封的情况，民众不会再随之转封，不会影响领内民众的信仰；
（4）知行超过200町，或收入3000贯以上的大名，如果要成为基督教徒，只要得到秀吉的许可就可以；
（5）知行地比这少的武士，所以可以根据本人的想法，随意改信佛教或者神道宗门；
（6）由于有一向宗推翻富坚氏对加贺的统治，并且觊觎越前之事在前，禁止大名以知行加封为诱饵，或者以减封改易为威胁，要求家臣改信切支丹；
（7）把日本人卖给中国、南蛮、朝鲜半岛是不应该的。因此，在日本禁止买卖人。
（8）牛马对于日本来说是重要的农业工具，而像切支丹那样买卖牛和马来吃，这也是不合理的。
一律以这些条文严加禁止，如有违犯者即严惩。
而这一世的秀吉在对以上的第（1）、（3）、（4）、（6）进行了变更：
（1）原本已经信仰切支丹的民众被允许保留信仰，但是不准再允许伴天连们发展新的信徒。
切支丹和切支丹结亲的，生下的孩子可以继续信奉，切支丹和其他信仰的对象结亲的，生下的孩子不能再信奉切支丹；
（3）大名如果出现交替、继承、转封的情况，民众要么随着先代主君转封，要么就地改信佛教或神道宗，都不愿意的需向官府提出申请，经批准后迁移至依然接纳切支丹的大名领内。
（4）知行超过知行超过200町，或收入3000贯以上的大名，或者知行超过80町收入超过1000贯的武士，在经过秀吉批准之后才能继续信奉切支丹，不然必须在限期内改信；